Human Connectome Project (HCP) چیست؟

دسته:پایگاه داده
هما کاشفی
15 خرداد 1402

این پروژه، دیتاست‌هایی در رابطه با ساختار، عملکرد و اتصالات مغز بیش از 1000 فرد مورد مطالعه سالم را در اختیار قرار می‌دهد. پروژه HCP برای اکتساب داده از اسکنرهای بهبود یافته، توالی پالس برای تصاویر با کیفیت بالا استفاده کرده است و همچنین تصویر برداری چندوجهی (4ساعته) صورت گرفته است. پیش پردازش‌های مناسب روی داده‌ها انجام شده است. حجم پایگاه داده‌های به اشتراک گذاشته شده توسط ConnectomeDB + BALSA بیش از 15 پتابایت است. در این پست به توضیح این پروژه و نحوه‌ی استفاده از دیتاست‌های آن می‌پردازیم.

پروژه‌ی Human Connectome Project (HCP) در سال 2010 راه‌اندازی شد. این پروژه تلاشی بلندپروازانه بود تا روند پیشرفت در تصویربرداری عصبی انسان را به ویژه برای سنجش اتصالات مغزی تسریع کند و همچنین از این پیشرفت‎ها برای مطالعه‌ی تعداد زیادی از افراد سالم بهره برده است. این پروژه به چندین مهم دست یافته است: 1)بهبود سخت افزار اسکنر MR، طراحی توالی پالس و روش‌های بازسازی تصویر، 2) اکتساب و تحلیل داده‌های MRI, MEG چند وجهی با کیفیت بی سابقه همراه با معیارهای رفتاری از بیش از 1100 شرکت کننده‌ی HCP و 3)اشتراک گذاری رایگان داده‌ها (از طریق پایگاه داده ConnectomeDB) و ابزارهای تجسم سازی و تحلیل مرتبط. تا به امروز، بیش از 27 پتابایت داده به اشتراک گذاشته شده است و 1538 مقاله با استفاده از داده‌های HCP منتشر شده‌اند. پارادایم تصویربرداری عصبی «به سبک HCP» برای بهینه سازی اکتساب و تحلیل داده مورد استفاده قرار گرفت.

چطور به دیتاست‌های HCP دسترسی پیدا کنیم؟

ابتدا لازم است که در سایت https://db.humanconnectome.org/ یک اکانت ایجاد کنید و پس از تأیید پیام اعتبارسنجی در ایمیل، به صفحه‌ی زیر دسترسی خواهید داشت

Public Connectome Data

قبل از ادامه لازم است بخش Open Access را تأیید کنید تا علامت تیک آبی رنگ کنار آن به نمایش درآید

2-Public Connectome Data

حال روی دکمه‌ی کناری آن Amazon S3 Access Enabled کلیک کنید

فرمان زیر به نمایش درمی آید روی Create my AWS Credentials کلیک کنید

AWS access for HCP Data

AWS مجموعه ‎ی Credentials را برمی‌گرداند. ورود به سیستم AWS شما با نام کاربری ConnectomeDB شما یکسان خواهد بود. کلیدهای دسترسی شما به صورت تصادفی تولید می‌شوند. به محض اینکه credential شما ایجاد شد، توصیه می‌کنیم آنها را جایی ذخیره کنید.

Creating AWS Credentials

اتصال به داده‌های AWS با استفاده از credentialها

روش‌ها و اپلیکیشن‌های مختلفی برای اتصال به مخزن داده‌ی HCP در AWS وجود دارد. می‌توانید از مرورگر S3 آمازون استفاده کنید که یک بسته نرم افزاری رایگان برای ویندوز است و به شما این امکان را می‌دهد تا داده‌ها را در AWS از دسکتاپ خود مرور کنید. CyberDuck یکی دیگر از سرویس گیرندگان نرم افزاری رایگان است که برای مک و ویندوز در دسترس است.

پس از راه اندازی مرورگر S3 از شما خواسته می‌شود تا یک حساب کاربری ایجاد کنید. AWS credentials خود را در جایی که مشخص شده، وارد کنید:

AWS credentials